2011年12月28日，国务院正式批复了《全国重要江河湖泊水功能区划(2011-2030年)》（国函[2011]167号），这是水利部根据《中华人民共和国水法》的有关要求，会同国家发展和改革委、环境保护部，组织各流域管理机构、各省（区、市）及有关技术单位，经多次汇总、协调、征求意见，并总结了《中国水功能区划（试行）》2001年10月～2008年8月在全国范围内试行的情况并颁布实施国家标准《水功能区划分标准》（GB/T 50594-2010）的基础上完成的，目前，全国31个省、自治区、直辖市人民政府先后批复并实施了本辖区的水功能区划。

党和国家高度重视我国的水资源保护工作，把节约资源、保护环境作为基本国策，以水资源可持续利用为目标，对水资源进行合理开发、高效利用、综合治理、优化配置、有效保护和科学管理，推动传统水利向现代水利、可持续发展水利转变，构建人水和谐的经济社会发展之路，保障经济社会可持续发展。

当前，水资源短缺、水污染严重是我国经济社会可持续发展的主要瓶颈。目前全国多年平均总缺水量为536亿立方米，主要由于河道外供水不足、超采地下水和挤占河道内生态环境用水所致。一些地区水资源开发已经接近或超过当地水资源承载能力，引发一系列生态环境问题。水污染状况十分严重，虽然局部污染情况得到一定限度的遏制，但总体水污染情况仍然处于恶化发展态势。水环境监测评价数据表明：2010年监测评价的3902个水功能区中，水质达标率仅为46%；在17.6万公里河流中，38.6%的河长水质劣于Ⅲ类；339个省界断面中，有48.7%的劣于Ⅲ类。

水功能区划是《水法》确定的一项重要水资源管理和保护制度，是全国水资源合理开发利用与保护、水污染防治和水环境综合治理的重要依据。通过实施水功能区划，处理好水资源开发利用和保护的关系，协调好整体和局部的关系，统筹好河流上下游、左右岸、省区间的关系，促进经济社会发展与水资源承载能力相适应。水功能区划是根据我国水资源的自然条件和经济社会发展要求，确定不同水域的功能定位，明确管理目标，强化保护措施，实现分类管理和保护。

《区划》分为两级体系。
        
一级区划在宏观上调整水资源开发利用与保护的关系，协调地区间关系，同时考虑持续发展的需求。水功能的一级区分四类，即保护区、保留区、开发利用区、缓冲区。
《区划》明确在保护区内：禁止进行影响水资源保护、自然生态系统及珍稀濒危物种保护的开发利用活动；
《区划》明确在保留区作为今后水资源可持续利用预留的水域，原则上应维持现状水质；
《区划》明确在在缓冲区内进行开发利用活动，原则上不得影响相邻水功能区的使用功能。如果对相邻水功能区水资源质量产生影响，需履行必要的审批或论证程序，流域机构应提出处理意见。
         
二级区划在一级区划的开发利用区内，主要确定水域功能类型及功能排序，协调不同用水行业间的关系。具体划分为饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区、排污控制区七类。

全国一、二级水功能区总计4493个，81%的水功能区水质目标确定为地表水Ⅲ类或优于Ⅲ类。国务院要求，力争到2020年水功能区水质达标率达到80%，到2030年水质基本达标。

国务院指出，县级以上人民政府水行政主管部门和流域管理机构要按照《区划》对水质的要求和水体的自然净化能力，核定水域纳污能力，提出限制排污总量意见。要加强水功能区水质、水量动态监测和入河排污口管理，对排污量超出限制总量的地区，限制审批新增取水和入河湖排污口。要加强水功能区监管能力建设，建立水功能区水质达标评价体系，定期向有关人民政府报告水功能区水质达标状况。在水资源管理、水污染防治、节能减排等工作中严格执行《区划》要求，协调好《区划》与国民经济和社会发展、主体功能区、土地利用、城市建设等相关规划的关系。

水功能区划标志着我国实施严格的水资源管理，并以水功能区纳污红线管理为核心的水资源保护工作进入了新的发展阶段。